Сбор прополиса - тяжкий труд. Им занимаются самые молодые и сильные пчелы - работницы. Они всасывают смолу с невостребованных почек, пропускают его через глотку, где происходит гормональная обработка и прополис приобретает свойство воздействовать на иммунную систему – становится биорегулятором.

Особенно активно пчёлы собирают смолу растений, выделяющуюся в период роста молодых побегов и листьев. Такая смола обладает наибольшими бактерицидными свойствами. Летом её источником являются хвойные деревья и некоторые виды трав.
Во время медосбора пчёлы почти не приносят пыльцы, а тем более сырья для выработки прополиса. Сбор его производится ими только при температуре воздуха более 20°C в наиболее жаркое время дня. Одновременно (по А. С. Поправко), сбором смолы занимаются 30-35 пчёл.

Как уже упоминалось, главное назначение прополиса - создать бактерицидную атмосферу в улье. Именно поэтому наиболее интенсивное его изготовление приходится на весенний и раннелетний период, когда в семье усиленно выращивается расплод. Усиленно пчёлы собирают смолистые вещества и к концу сезона, по мере приближения осени. До 40% прополиса можно отобрать без ущерба для здоровья пчелиной семьи (подогревание и перегонка прополиса не допускаются).

Для лечебных целей, и особенно для внутреннего применения, прополис заготавливают только на здоровых пасеках. Если есть больные семьи, - прополис используют для технических целей, предварительно обеззараживая его прогреванием при высокой температуре.

Сбором прополиса пчеловоду приходится заниматься поневоле. Он затрудняет перемещение или удаление рамок, ухудшает вентиляцию улья, в результате чего в холодное время года на холстиках образуется конденсат, а на стенках улья – лёд. Попав в фальцы, прополис нарушает целостность гнезда. Собирают его, как уже упоминалось, при весенней чистке рамок, стенок корпусов и доньев, а также при откачке мёда. Замечено, что пчелиные семьи, дающие больше мёда, дают больше и прополиса. Оба процесса находятся в прямой зависимости от силы семей. Отбор прополиса не влияет на мёдопродуктивность пчелиных семей.

Прополис соскабливают пчеловодческой стамеской с рамок и стенок улья на планшет, расположенный на его дне (делать это лучше при низкой температуре, когда прополис становится твёрже и крошится, либо при очень высокой, когда его легко соскоблить). Смесь воска с прополисом помещают в морозильник. На следующий день смесь мелко крошат тупой сечкой в алюминиевой посуде. Охлажденный воск, превращаясь в пыль, отделяется от прополиса. Измельчённую массу просеивают сквозь сетку с ячейками 2х2 мм. Восковая пыль просыпается, а в решете остается прополис с небольшим количеством грубых примесей. Прополис провеивают на ветру над простынёй, чтобы отделить оставшиеся легкие примеси — мелкие деревянные стружки, нити мешковины и т.п.